Заповедник, состоящий из двух отдельных частей, расположен на территории Шерабадской и Термезской районов Сурхандарьинской области. Общая площадь составляет 24554 гектаров, большая часть заповедника расположена на высоте до 3157 метров над уровнем моря в юго-западных отрогах Гиссарского хребта. В настоящее время в Сурханском заповеднике зарегистрировано более 130 видов птиц, свыше 25 видов млекопитающих, 27 видов пресмыкающихся, по 2 вида рыб и земноводных. В их числе: закаспийская маринка, зеленая жаба, степная черепаха, степная агама, туркестанская и кавказская агама, пустынный и алайский гологлаз, прыткая ящерица, быстрая и черноглазая ящурка, водяной и ушастый уж, узорчатый полоз, змея-стрела, центрально-азиатская кобра, гюрза, паласов щитомордник, малый подковонос, азиатская широкоушка, нетопырь-карлик, белобрысый стрелоух, заяц-толай, волк, лиса, ласка, куница каменная, барсук, рысь, степная кошка, кабан, винторогий козел, муфлон азиатский, черный аист, черный гриф, беркут, орел-могильник, ястреб, пустынная куропатка, кеклик и др).

На территории заповедника и охранной зоны обитает 17 видов животных, которые включены в Красные книги IUCN и Узбекистана. Всего в заповеднике выявлено 827 видов сосудистых растений, из них 41- редкие виды (миндаль колючий, кизильник, шиповник, эфедра и др.)
Площадь заповедника составляет 24583 га, размещается на высоте от 1000 м до 2500 м. над уровнем моря.
Работают около 60 человек.
Адрес: Сурхандарьинская область, город Шерабад (от Термеза в 60 км, 1.5 час в пути). От Шерабада до территории заповедника 120-150 км (1.5 часа в пути ).
Протяженность: с севера на юг 38 км, с запада на восток 12 км